Terörle Mücadele Yasası'nın 7 ve 8. maddeleri, Türk Ceza Kanunu'nun 159 hatta 169. maddeleri gibi TCK 312. maddesinin bu yıllarda ifade özgürlüğü üzerinde yarattığı ağır tahribatlar, 14 Ağustos 1997'de kabul edilen 4304 Sayılı "Sorumlu Müdür Sıfatı İle İşlenen Suçlara İlişkin Dava ve Cezaların Ertelenmesine Dair Kanun, 28 Ağustos 1999'da kabul edilen 4454 Sayılı "Basın ve Yayın Yoluyla İşlenen Suçlara İlişkin Dava ve Cezaların Ertelenmesine Dair Kanun ve 20 Aralık 2000 tarihli 4616 Sayılı Kanunun uygulamaya sokulmasıyla geçiştirildi.
Çıkarılan söz konusu "Af Kanunları", örneğin, Kürt sorununa resmi görüş dışında yaklaştıkları için hapse atılan gazetecileri hapisten kurtarmaya çoğu kez yetmedi. Yasanın antidemokratik içeriği bir yana, gazeteci ve örgütleri yalnızca gazetecilerin serbest bırakılmasını dahi güçlü bir taleple dile getiremediler.
"Özgür Gündem" gazetesi yazı işleri müdürü Işık Yurtçu, 1992 yılında yayımlanan yazıların bir kısmında "halkı kin ve düşmanlığa tahrik edildiği" gerekçesiyle 28 Aralık 1994'te gönderildiği cezaevinden 14 Ağustos 1997'den sonra tahliye edildi. "Özgür Ülke" gazetesi için yazdığı "Sokağa, Eyleme, Genel Greve" başlıklı yazı nedeniyle "Halkı itaatsizliğe tahrik" iddiasıyla 10 ay hapis cezasına mahkum edilen "Demokrasi" gazetesi yazarı Muteber Yıldırım, 19 Kasım 1996'da tutuklandı. Gazeteci cezasını tamamladıktan sonra tahliye edilebildi. 12 Kasım 1993'te tutuklanan "Özgür Gündem" gazeteci yazarı İsmail Beşikçi, Bursa Cezaevi'nden 4454 Sayılı Erteleme Yasası uyarınca 15 Eylül 1999'da şartlı olarak tahliye edildi.
Haziran 1999'da Yargıtay, "Hizbullah üyesi olmak" iddiasıyla 1997'de tutuklanan haftalık "Selam" gazetesi yazarı Nureddin Şirin'e, "Ateist de olsa mazlumun yanında yer alacaksın" başlıklı yazıya verilen 20 ay hapis cezasını onadı. 18 Aralık 1998'de İstanbul 1 No'lu DGM'nin verdiği bu ceza 4454 Sayılı Erteleme Yasası uyarınca askıya alındı.
İzmir'de yayımlanan "Yeniden Yeni Çeşme" gazetesi yazı işleri müdürü Aydın Korkmaz, 27 Ağustos 1999 günü Urla Cezaevi savcılığına teslim oldu. "1 Mayıs Bayram, 6 Mayıs Hüzün Mü?" başlıklı yazısında "bölücülük propagandası" ve "Halkı kin ve düşmanlığa tahrik" iddiasıyla 13 ay 6 gün hapis cezasına mahkum edilen Korkmaz, bir hafta cezaevinde kaldıktan sonra 4454 Sayılı Erteleme Yasası'nın yürürlüğe gitmesiyle şartlı olarak tahliye edildi.
Mayıs 1999'da Yargıtay, Şanlıurfa'dan yayın yapan "Radyo Karacadağ" haber müdürü Vedad Bakır'a verilen 20 aylık hapis cezasını onadı. 29 Eylül 1998'de Diyarbakır 3 No'lu DGM, Bakır'ı, "yayın yoluyla halkı ırk ve bölge farkı gözeterek kin ve düşmanlığa tahrik" iddiasıyla mahkum etti. 21 Mart 1998'de Med-TV televizyonu ile haber yayını sırasında telefonla canlı bağlantı kuran Bakır, Newroz Bayramı'nın nasıl kutlandığını aktarmıştı. Bakır'a verilen ceza da 4454 Sayılı yasa ile şartlı olarak askıya alınmıştı.
TCK'nın 312. maddesi alanındaki karar ve uygulamalar bununla da sınırlı değil.
Bu suç tanımına girdiğine inanan savcılar, gazete ve dergilere yayımlandıkları gün toplatma kararı verdiler.
6 Şubat 2002'de kabul edilen 4744 Sayılı yasa ile Türk Ceza Kanunu'nun 312. maddesi değiştirildi.
Sosyal sınıf, ırk, din, mezhep veya bölge farklılığına dayanarak, halkı birbirine karşı kamu düzeni için tehlikeli olabilecek bir şekilde düşmanlığa veya kin beslemeye alenen tahrik eden kimseye bir yıldan üç yıla kadar hapis cezası verilir.
Halkın bir kısmını aşağılayıcı ve insan onurunu zdeleyecek bir şekilde tahkir eden kimseye de birinci fıkradaki ceza verilir.
Yukarıda fıkralarda yazılı suçlar 311. maddenin ikinci fıkrasında belirtilen araçlar veya şekillerle işlendiğinde verilecek cezalar bir katı oranında artırılır.